2005年12月10日，经国务院批准，洋山保税港区在洋山深水港开港的同时正式启用，是我国第一个保税港区，也是实行港口和保税区、出口加工区、保税物流园区功能合一运作模式的创新区。2009年11月，上海综合保税区成立，洋山保税港区、外高桥保税区和浦东机场综合保税区“三港三区”联动发展。同时，国务院赋予了洋山保税港区探索建设国际航运发展综合试验区的重要使命。2013年8月，国务院正式批准设立中国（上海）自由贸易试验区，规划范围28.78平方公里，包括：洋山保税港区、外高桥保税区、外高桥保税物流园区以及浦东机场综合保税区，其中洋山保税港区封关面积为14.16平方公里，占中国（上海）自由贸易试验区规划面积的49.2％。
洋山保税港区由陆域部分6.85平方公里、小洋山港口区域7.31平方公里和连接二者的东海大桥三部分组成，主要发展和提供航运服务业与港口增值服务、国际中转集拼与水水中转、国际采购配送与分拨中心、大宗商品交易与期货保税交割、航运金融与融资租赁、国际贸易与新型业态、保税展示与专业市场、跨境投资与金融服务、服务贸易与服务业开放、国际船舶登记与国际船舶管理等产业和服务功能。
洋山保税港区陆域部分，紧邻南汇新城镇主城区和临港重装备产业区。主要规划开发和建设了查验区、港口辅助区、仓储配送区、集拼中转区、加工制造区、商贸展示区等功能区域。区域周围还有临港非保税物流园区、铁路中心编组站、集装箱内河转运区、危险品仓储区等其他物流运作区。
小洋山港口区域，也是集装箱深水港码头作业区域，位于杭州湾口东海海上的崎岖列岛。港口具备20米以上的水深条件，港区岸线长5.6公里，共拥有16个7-10万吨级的大型集装箱码头泊位，可接纳第五、第六代巴拿马型集装箱船靠泊。国际航线密集，已开辟欧洲、南美、北非、地中海等10条航线。
东海大桥是洋山港和上海市南汇区芦潮港之间的洋上大桥，总长32.5公里，起始于洋山保税港区的陆域部分，跨杭州湾口宽阔的海面直抵小洋山岛，是目前世界上最长的外海跨海大桥。大桥按双向六车道加紧急停车带的高速公路标准设计，桥宽31.5米，建有全覆盖的视频监控系统和监控中心，可满足海关、检验检疫等口岸监管以及公安、养护等部门的监管要求，海事管理部门可通过VTS系统监控大桥区域的海上通航安全。
